Universidad del Salvador: Los profesionales de la FMM brindan en sus instalaciones, cátedras sobre el manejo y rehabilitación de fauna marina para la Cátedra de Recursos Faunísticos, Medicina de la fauna y Animales exóticos de la Carrera de Veterinaria.

Freplata, Proyecto Protección Ambiental del Río de la Plata y su Frente Marítimo: En Agosto de 2004 se firmó un Acta de Cooperación Técnica por medio del cual el Freplata colabora en la ampliación del Centro de Rescate y la FMM participa en las tareas de divulgación y educación ambiental del proyecto de conservación. 

PRICTMA: La FMM es integrante y miembro fundador del Proyecto Regional de Investigación y Conservación de Tortugas Marinas de Argentina creado en el 2004. Conjuntamente con distintas instituciones y grupos de trabajo se realizan trabajos de investigación y rescate de estas especies marinas que se encuentran en peligro de extinción. 

Instituto de Investigaciones Bioquímicas de La Plata (INIBIOLP): En julio de 1994 se firmó un acuerdo de cooperación científica para el estudio de algunos aspectos de la nutrición y cadenas tróficas, caracterización inmunológica y endocrinológica de especies de mamíferos marinos.

Instituto Antártico Argentino: La Dirección Nacional del Antártico y la FMM trabajaron en el entrenamiento, capacitación y perfeccionamiento mutuo de profesionales y en el apoyo a la investigación científico técnica. Como consecuencia de este convenio, personal de la FMM participó en campañas antárticas en 1993 y 1994. 

Facultad de Farmacia y Bioquímica de la UBA: Con esta institución se están realizando desde el 2001 importantes trabajos de investigación relacionados con la presencia de Helicobacter en mamíferos marinos y su relación con problemas gástricos. 

Universidad Nacional de Mar del Plata: En Marzo de 1993 se firmó un convenio de cooperación científica para la realización de investigaciones conjuntas entre la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales y la FMM . Entre las tareas desarrolladas se incluyen trabajos de investigación sobre biología y ecología de aves y mamíferos marinos. 

Universidad Nacional de La Plata: El convenio con esta Universidad data de junio de 1991, y tiene como objetivo el asesoramiento científico técnico en distintas áreas de estudio de medicina veterinaria. Se han realizado y apoyado distintos estudios de anatomía y patología de aves y mamíferos marinos a través de la Facultad de Ciencias Veterinarias y el Centro de Diagnóstico e Investigaciones Veterinarias (CATEABA). 

Fundación Ecológica Pinamar: En octubre de 1992 se oficializaron las tareas de mutua cooperación que se venían realizando desde años antes. Ambas instituciones aportan su infraestructura técnica y personal para el rescate de especies marinas halladas en las costas de la Pcia. de Bs. As. 

Fundación Verde Mar: Ambas instituciones comparten objetivos de rehabilitación de fauna silvestre y conservación del medio ambiente marino, cooperando mutuamente desde 1992 en diversas tareas en las costas bonaerenses. 

Servicio Nacional de Sanidad Animal (SENASA): Con dicha institución se están desarrollando investigaciones en el campo de las micobacteriosis en distintas especies de mamíferos marinos, habiéndose realizado varios trabajos de investigación de trascendencia internacional. 

Ministerio de Economía de la Provincia de Río Negro: La FMM patrocinó técnica y económicamente Reservas Marinas Provinciales bajo la esfera de la Dirección de Fauna. Esto permitió la contratación de personal profesional y la reestructuración de la Reserva de Punta Bermeja. 

Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET): Dicho Consejo Nacional auspició el Primer Simposio Internacional sobre Mamíferos Marinos y sus Ecosistemas organizado por la FMM. El CONICET ha reconocido a la FMM como un Centro de Investigación que presta apoyo a becarios e investigadores del Consejo para la realización de proyectos de investigación en el sector bonaerense. 

IFAW (Fondo Internacional para la Protección de los Animales y su Hábitat): Es una institución internacional que promueve la protección y el bienestar de la fauna silvestre. Desde el año 2001 esta institución ha estado colaborando con la FMM y desde el 2004 integramos  The IFAW Penguin Network Project (Emergency Relief Program – Oiled Wildlife Division). (www.ifaw.org) 

Comisión de Investigaciones Científicas de la Provincia de Buenos Aires (CIC): La FMM ha apoyado programas de investigación desarrollados por becarios e investigadores de esta institución, para el estudio de las comunidades biológicas de los fondos marinos. 

Ministerio de la Producción de la Pcia. de Bs. As.: La cooperación se ha desarrollado en programas de estudio sobre la almeja amarilla, actividades de pesca en la región norte de la Pcia. de Bs. As. y el monitoreo de colonias de pinnípedos del sector marplatense. 

Asociación ECO-BIOS: La FMM ha apoyado fundamentalmente los estudios de las poblaciones de pingüinos presentes en la Patagonia. Profesionales de ECO-BIOS han colaborado en el desarrollo de la colonia reproductiva del pingüino de Magallanes en un ambiente controlado. 

Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires: La FMM firmó un Convenio Marco de Residencias, que permitió la realización de residencias de los estudiantes en las distintas instalaciones de la Fundación, pudiendo los alumnos adquirir experiencia como complemento de la formación académica.

Además trabajamos en conjunto con:

Organismo Provincial para el Desarrollo Sostenible (OPDS)
Fundación Vida Silvestre Argentina (FVSA)
Centro de Estudios Parasitológicos y de Vectores (CEPAVE)
Universidad Andrés Bello, Chile
Universidad Paulista (UNIP), Brasil
Fundación Patagonia Natural (FPN)
Prefectura Naval Argentina (PNA)

La Fundación Mundo Marino, desde sus primeros años de existencia, enfocó sus esfuerzos a la recepción y atención de aves y mamíferos marinos enfermos, empetrolados o varados. Estos ejemplares una vez recuperados son devueltos a sus lugares naturales de origen; en algunos casos cercanos a la zona de asentamiento de la Fundación, en otros, a lugares lejanos de nuestro territorio como Tierra del Fuego.

Con el correr de los años, la Fundación comprendió que para lograr todos los objetivos debía evolucionar, encarando otros aspectos que fueran más allá de la atención directa de animales enfermos o accidentados. En virtud de ello, la Fundación ha tomado un mayor carácter académico, sin llegar a perder sus miras originales.

De esta forma se han logrado vínculos con instituciones científicas de reconocida tradición, promoviendo la difusión, educación y perfeccionamiento de los recursos humanos, a través de convenios o trabajos compartidos con instituciones tales como las Universidades Nacionales de La Plata, Mar del Plata y Buenos Aires, SENASA, CONICET, CEDIVE, entre muchas otras.

La educación y difusión es un área que hemos estado desarrollando exitosamente, realizándose cursos, asesoramientos y pasantías de estudiantes de distintas Universidades Nacionales. Merece ser destacado el Primer Simposio Internacional sobre Mamíferos Marinos y sus Ecosistemas, realizado en octubre de 1992, para el cual fueran invitados diversos investigadores de prestigio mundial.